Dieses Kirchlein an der Passauer Straße wurde Mitte des 16. Jahrhunderts für Pestkranke und Aussätzige zu Ehren der Pestpatrone St. Alexius und Lazarus errichtet. Es war früher von einem Friedhof für Fremde, Pestopfer und hingerichtete Verbrecher umgeben. Im Leprosenhaus neben der Kapelle (entstanden wohl um 1600) und dem Pestfriedhof wurden hier außerhalb der Stadt die seuchenkranken Menschen isoliert.
1743 weisen die Totenbücher der Pfarrei Pfarrkirchen mehr als 300 Pesttote auf (bei ca. 900 Einwohnern), die auf dem Pestfriedhof des Marktes rund um das Alexi-Kirchlein bestattet worden sind.
Später befand sich hier das erste Krankenhaus, das Alexi-Hospital. Das war entstanden aus dem „Unterstützungsverein für Krankheitsfälle“, welchen die Pfarrkirchener Handwerksburschen gegründet hatten. 1830 war der Verein wegen des kostenintensiven Unterhalts des Hospitals in Schieflage geraten und die Kommune übernahm 1833 das Krankenhaus.
1962 wurde die Kapelle aufgrund von Straßenbaumaßnahmen einige Meter südostwärts versetzt und 1994 renoviert.
Die Kapelle ist nicht öffentlich zugänglich.